1996 - 2006
Bo 1996 година Алкалоид го почнува најкрупниот инвестиционен циклус. Прв чекор во развојната стратегија на компанијата е стартот на изградбата на новата фабрика за цврсти таблетни форми со површина од околу 12.000 квадратни метри. Квалитативно нов значаен потег на Алкалоид во овој период е соработката со Европската банка за обнова и развој (ЕБРД) и Меѓународната финансиска корпорација (ИФЦ). Договорите со овие меѓународни финансиски институции, потпишани во 1999 година, претставуваат основа за нов вид повеќеслојна соработка. Преку нив Алкалоид, од една страна обезбедува финансиска поддршка од околу 17,4 милиони евра и тоа не како класичен кредит, туку во форма на конвертибилен заем кој во секој момент ЕБРД и ИФЦ можеа да го трансферираат во акционерски капитал во Компанијата.
Од друга страна, преку ваквиот вид соработка, што за прв пат се реализира во Македонија, Алкалоид ги имплементира најсовремените принципи на корпоративно управување. Во носечката дејност на Алкалоид, секторот Фармација почнува имплементација на строгите норми за добра производствена пракса, т.н. GMP стандарди. Претходно во делот на билкарство лекови се воведени највисоките тогашни ISO стандарди, кои подоцна се инсталирани и во сите други капацитети на Алкалоид со постојано надградување. Сето ова создава услови носечкиот македонски фармацевтски бренд да фати чекор со светски признатите производители на лекови. Во 1999 година се комплетира новиот магацин за готови лекови со современ дистрибутивен центар, а во април 2000 година е предаден во употреба најсовремен магацин за суровини и амбалажа.
Под мотото - пробив на светскиот пазар, инвестирањето се интензивира во 2002 година со стартот на новата фабрика за цврсти дозни форми и на фабриката за полусинтетски цефалоспорини, единствена во регионот во која целосно се воведени GMP стандардите. Заради поефикасно и поквалитетно производство, Алкалоид гради и опремува најсовремен оддел за пакување на лекови во вредност од 4,5 милиони евра, со две нови линии: за пакување на цврсти форми (таблети, дражеjи и капсули) со капацитет од 200.000 пакувања во минута и за ампули со капацитет од 30.000 ампули во минута. Со цел да се обезбеди повисок степен на автоматизација на производството, по 600.000 евра се вложуваат во новата линија за дозирање и пакување на раствори за орална употреба и во осовременување и адаптација на просторот за чување на полупроизводи.
Во 2004 година е дислоциран најстариот погон на Алкалоид од локалитетот во Автокоманда во новиот капацитет во Ѓорче Петров, каде со повисоки стандарди и пософистицирана опрема се обезбедува и повисок квалитет на производството. Генералната определба на менаџерскиот тим за континуирано инвестирање, како услов за опстојување на светскиот пазар останува, но со новата агенда, вложувањата се насочуваат главно во опрема и во технологии. Нова целосно автоматизирана опрема, со далеку поголем капацитет и перформанси, е инсталирана во Билкарство, а вакво осовременување е воведено и во Козметика. Во 2000 година Алкалоид-Фармација станува член на Европската генеричка асоцијација на производители на лекови. Во функција на врвниот квалитет на финалниот производ, значајни инвестициони фондови се алоцирани и во процесот на контрола и обезбедување на квалитетот на лековите: во најсовремена микробиолошка лабораторија вредна 1, 2 милиони евра и уште 500.000 евра за новата хемиска лабораторија.
Со заокружувањето на инвестициониот циклус е обезбедено целокупниот производствен процес, од влезот на суровината во фабриката до излезот на финалниот производ, да се одвива согласно со највисоките европски стандарди за производство на лекови. Тоа е верификувано и од страна на неколку инспекциски служби од земјите на ЕУ, како и од американската мултинационална компанија Фајзер, за која веќе со децении Алкалоид е партнер од избор. Во 2002 година Алкалоид ја продава првата лиценца, за лекот Кафетин на рускиот пазар, деловен успех со кој ретко кој македонски производител може да се пофали. Гордост на компанијата е и патентирањето на препаратот Новаморф во САД во 2003 година. Соработката со босанската фармацевтска куќа Фармавита е трасирана во 2005 година, а со неа се опфатени неколку препознатливи лекови од асортиманот на Алкалоид. Производната палета на Алкалоид се пласира на пазарите на 29 земји, а Компанијата со свои подружници ги покрива Руската Федерација, Швајцарија, Словенија, Хрватска, Србија, Црна Гора, Босна и Херцеговина, Бугарија и Албанија. Со отворањето на подружница во САД, во февруари годинава, почнува планот за пробив на еден од најпробирливите светски пазари.
На странските пазари, според последните податоци, Алкалоид пласира над 70 отсто од производството, факт што ја потврдува извозната ориентација како доминантна определба на компанијата. Алкалоид во меѓувреме станува препознатлив и со новиот проактивен маркетиншки концепт и корпоративниот европски имиџ. Меѓу приоритетите остануваат грижата за вработените, акционерите, животната средина, деловните партнери, здравствениот систем и пред се' - здравјето на луѓето.
Реализираните инвестиции, промените и зголемениот обем на работа, особено во последните неколку години ја наметнуваат потребата од надградба на постоечкиот и инсталирање на модерен информативен систем и интеграција и консолидација на севкупната софтверска мрежа.
Во пресрет на 70-годишниот јубилеј, почнува имплементацијата на SAP, податочен софтверски систем, вреден над два милиона евра, кој со своите модули целосно ги интегрира сите деловни сегменти на компанијата. Со тоа Алкалоид останува лидер и во оваа област со оглед на тоа што тоа е првиот матичен SAP што една компанија го инсталира во земјата. Од ноември 2002 година компанијата котира на официјалниот пазар на Македонската берза на долгорочни хартии од вредност. Алкалоид прв во Македонија го отвора и потврдува својот легимитет пред јавноста и транспарентно ги прикажува билансите и финансиското работење пред сите потенцијални инвеститори. Алкалоид е избран за најтранспарентна котирана компанија на Берзата за 2003 година, додека неговата акција е најликвидна и најтргувана на Македонскиот пазар на долгорочни хартии од вредност.
Во последните 20 години Алкалоид во своето осовременување има вложено меѓу 70 и 80 милиони евра, а паралелно со воведувањето нови технологии, се менува и структурата на вработените во полза на високо стручните кадри. Алкалоид во својата визија останува на определбата дека најголемата инвестиција за една компанија е во човекот и во неговата едукација за управување со нови технологии, што несомнено е важно за развојот и битисувањето на компанијата, чија успешна приказна продолжува со нови предизвици.